燃える雑記置き場
随分とブログから遠ざかっておりまして、閉鎖も念頭に入れてはいますが…いくつかのメモは残しておきたいところなので、もうしばらくお目見汚しを。
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さすがと言うのは、私の腕か?
いやいや、今回はSagaTM(LI-COR)と言うことにしておきましょう。
いや~、このソフト、きちんとGenotypingまでやってくれるのはいいのですが…多少問題を含む。

シーケンスの波形データまでも出してくれるのだが、いや、これは泳動像を解析しているだけかもしれない。増幅バンドの濃度が濃く、泳動画像では強すぎて白くなる部分を、バックグラウンドの色と混同している。レーザーで読み取りの際の値じゃないかも。これは要注意。

その他、スマイリング補正やらなんやら、allele sizeも決定してくれるし、同定したalleleのOutputなど、そこんとこは使いやすいよね。


画像はQuercus serrataのSSR遺伝子座(QpZAG15)を増幅した様子。解析ソフトによって、対立遺伝子型が色付きの×で表示されている。右端が母樹と、その隣4個体が花粉親。あとがF1で、母樹のバンドのうちどちらかと、4つの花粉親のうちのどれかのバンドを共有し、花粉親の判別が容易につく。
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