燃える雑記置き場
随分とブログから遠ざかっておりまして、閉鎖も念頭に入れてはいますが…いくつかのメモは残しておきたいところなので、もうしばらくお目見汚しを。
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データを入力すれば、ソフトが勝手に処理してくれて、ポンと結果が表示される。
でもね、そのソフトが何やっているのか分からなかったら意味無いやん。

と言うわけでうちの研究室にも、マスター以下はお手軽解析ソフト使用禁止令を出したい!!
エクセルでもいいから、数式書いて、ちゃんと理解して結果を出して欲しいものですね。

例えば、「固定指数ってどうやって出すの?」って問いに、「なんちゃらというソフトを使って。」なんて答え、だされてもねぇ…
FSTとかGSTとかも、ちゃんと理解して使って欲しいですね。
ま、この辺はあんま人のこと言えませんが。。。

そんな硬いこと言っていますが、先ほど理論を理解せずにとりあえず出てしまった結果がこちら・・・↓

structure_sam1.gif

STRUCTUREですがな。

ver.2をインストールして、動かしてみましたわさ。

Genetics行って論文も取ってきましたわさ。
Pritchard et al. 2000. Inference of Population Structure Using Multilocus Genotype Data. Genetics 155: 945–959.と、
Falush et al. 2003. Inference of Population Structure Using Multilocus Genotype Data: Linked Loci and Correlated Allele Frequencies. Genetics 164: 1567–1587も。

ぱっと見、分からんぞ。
はぁ、誰かに数学教わりたいよ。。。

系統樹書いてみても地理的傾向出ないKさんのため、いろいろ試してみなよとやらせるつもりが・・・自分が理解できんもんで、振るわけにも行かず…

ま、マイクロサテライトしか使っていないから、うまく出なくてもしょうがないと思うのですが…

それ以上に、傾向が出ないと言うのも立派な結果と考え、うまく考察して欲しいものです。
とくに、今までの研究が重力(風)散布?(落下)の種子を持つ樹種がメインだったのに対し、そのデータは鳥散布型というところにも、着目点が置けるわけだし!

あ、上の図は、I君から借りたデータで描いたもの。集団3だけが他の集団と大きく異なっているのが、系統樹からも読み取れたが、こうやって見てみても、うまいこと違って見えるんだね。
うん、
楽しい。
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コメント
この記事へのコメント
???
さっぱいわからんばい。
ま、確かに、うちの研究室も統計の初歩すらわからんで人のエクセルシートつかっちょるバカタレがごろごろおるけどね。やめてほしいもんだよ、いい年してさ。
2006/12/27
(水) 23:58:18 | URL | Tappy #-[ 編集]
>Tappyさん
あい、未だ私も勉強中です。。
ま、集団、そして遺伝子頻度のクラスタリングですかね。。。
もっとうまく説明できるようになったら、自分でも理解したってことになるんでしょうね。

>人のエクセルシートつかっちょるバカタレがごろごろ…

それ、やぶぁいね。
でも森林は、集団遺伝学にしろ、統計にしろ、授業が無いのも事実。自ら勉強して欲しいね。ほんとはそれが当たり前なのか? 誰か教えてって思ってまうオイラはだめ?
2006/12/28
(木) 18:00:18 | URL | 燃海 #LfSnBEJ6[ 編集]
???
最近よく思うのだが、
我々博士課程コースと修士課程コースの存在意義。

博士課程はいわゆるその道の専門家の卵。だったら、その道に関わることは精通しなければ、飯を食っていくことができない。
でも、修士課程はちがう。大学側の立場としては、その道の専門家を育てるのが修士さらに博士となっているが、実情はほとんど他分野に就職していくと思う。

と、大学に即した考え方ではなく、現実に即した考え方をすると、その道の基本的なことは知っておく必要があるが、徹底的に教え込む必要がないと私は思うようになった。もちろん、研究職を考える人間、研究好きや博士課程進学を考えている子にはいろいろ教えたりするが、むしろそんな彼らは自分で率先していろいろやる。

今回の統計などの問題は、私はその分野における位置づけがいまいち分からないのでコメントはできませんが、どんな位置づけなんでしょうか?

冷たい言い方にはなりますが、人には人の生き方があり、自分が必要だと思う事柄はやはり人なりに一生懸命勉強します。それが研究とは限りません。
研究室にはいった イコール その研究室の研究をとことんやる ではないですよね。

日本の実情は大学は、修士がアメリカでいう学士、博士がアメリカの修士としてよくたとえられますよね。確かに、私もそう思います。

2006/12/29
(金) 18:56:39 | URL | ささみのタヌキ #-[ 編集]
ぶへぇ
変換ミス

日本の実情は大学は

訂正)
日本の大学の実情は

かっこわるw
2006/12/29
(金) 18:59:20 | URL | ささみのタヌキ #-[ 編集]
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