燃える雑記置き場
随分とブログから遠ざかっておりまして、閉鎖も念頭に入れてはいますが…いくつかのメモは残しておきたいところなので、もうしばらくお目見汚しを。
上記の広告は1ヶ月以上更新のないブログに表示されています。
新しい記事を書く事で広告が消せます。
--/--/--(--) --:--:--| スポンサー広告| |
ささみのタヌキさんの質問に答えたら、これまた長くなってしまったんですよ。

さすがにコメント欄じゃ見にくいかなと、記事にしておきました。

SSRについて、突っ込み質問があれば、またここのコメントにお願いしますぅ~!

てな訳で、続きへどうぞ。
まず、1番目の
マイクロサテライトって初めて聞いた言葉だったから、自分なりにしらべたけども、どんな生理学的な意味があるんですかね?
について。

マイクロサテライトとは、別名SSR(Simple Sequence Repeat)と呼ばれる、数塩基(2~)が繰り返された配列のことです(例えば、GAが数十回繰り返される)。佐々木さんの言うミニサテライトよりも繰り返し部位が小さいため、“マイクロ”サテライトと名づけたんでしょうね。

で、この単純なモチーフの繰り返しにどんな意味があるかというと…
さぁ?
分かりません。
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA......
と並んでいても、意味があるようには思えませんね。
でも、核DNAにもオルガネラDNAにもいくつも存在しているんですよね~。
不思議です。

で、自分たちはこのSSRをどのように使っているかというと、例えば(GA)nの、繰り返しの数を遺伝子型として見る、つまりnの数を対立遺伝子:alleleとした遺伝子座として利用しているんです。
案外、この繰り返し数ってのには多型があって、遺伝マーカーとしてはもってこいなんですよ。

この数の差(allele)はスリッピングにより生じたとされています。確率論的に変異速度も計算されていますが、それは数世代では無視できるほどです。さらに、メンデル遺伝することも確認されています。
ついでに言えば、このマーカー、共優性なんですねぇ。Aaといった優性マーカーよりも得られる情報もたっぷり♪

さてさて、この遺伝マーカーを用いて何ができるかっていうと、ひとつには遺伝的多様性の指標としたり、また個体の判別に用いたり。さらには親子の解析にも利用できるんですね。こういった手法を生態学に用いることで、現在の分子生態学が発展してたということです。

また、育種分野にはもっと前から使われていて、連鎖地図を作る際に用いられたりもします。

このように、SSR自体が機能を成すかは不明ですが、それを遺伝マーカーとして利用することにより、生態生理においてはかなり重要な情報を提供しています。


ちなみにですね、アクリルアミドゲルなどで電気泳動すると、長さの違いがこのように出てくるんですねぇ~↓。

QsSSR_ZAG15_0811ed.jpg

過去にも出した、コナラのSSR画像。左端が母樹で、その隣に花粉親候補が4個体。それ以外は、それらの子供F1なんですが、この遺伝子型によってそれぞれの実生が、どの父親を持つのか判別できる。
スポンサーサイト
コメント
この記事へのコメント
SSR勉強になりました
モミさんだからずけずけ言いますけど、

正直感じたのは、分子生物学と分子生態学という研究フィールドの差が私ともみさんの間ではっきりでているなぁーと感じました。

私が、コンピュータの中の基盤の仕組み配線1本1本のつながりを知りたいとしたら、もみさんは、そのコンピュータが一部として構成される車全体をしりたいって感じですかね。?

やはり背負ってきたバックグランドの違いを感じました。どちらがいいのかは分かりませんが、間違いなく言えるのは両方を兼ね備えていることが一番いいんでしょうね~。

とくに、SSRの生理的機能は?
っていう疑問に対し、
さぁ?わかりません。
って切り替えされたところ、すごくフィールドの違いを痛感しました。

2006/11/24
(金) 10:32:14 | URL | ささみのタヌキ #-[ 編集]
>ささみのタヌキさん
あ~分かる、それは絶対あるね!!分野の違いは。
学会とか行くと、ほんまオモロイわ。
森林学会と生態学会とでは同じ分子生態の分野でも、MacとWinぐらいの差があるかも!!

ま、私が知りたいのは、コンピューターの差が、どれだけ車の性能に影響を及ぼすのか?といったあたりでしょうか??
車全体を知ろうとするのは、生態学の分野かな?

さてはて。

自分のモレキュールの知識なんざ、マジ無いに等しいっすよ。それよりも、実際生えてる木を知れって言われちゃいますし…

SSRの生理的機能は?
っていう疑問に対し、
さぁ?わかりません。

これはね、利用してるにも関わらず、遺伝子工学の分野の知識が少ないために、正確なことが分からなかったから、逃げただけですよ。

おそらく、機能的には何の役割も果たしてないのでしょうが、もしかしたら、面白いことが今後分かるかもしれないという、そんな可能性も否定したくないため、"わからない"と言ったんです。(いいわけ)
2006/11/24
(金) 16:44:52 | URL | 燃海 #LfSnBEJ6[ 編集]
コメントを投稿する
URL:
Comment:
Pass:
秘密: 管理者にだけ表示を許可する
 
トラックバック
この記事のトラックバックURL
→http://sunsetsea.blog16.fc2.com/tb.php/299-ce9392bc
この記事へのトラックバック
copyright © 2005 燃える雑記置き場 all rights reserved.
Powered by FC2ブログ.
上記広告は1ヶ月以上更新のないブログに表示されています。新しい記事を書くことで広告を消せます。