燃える雑記置き場
随分とブログから遠ざかっておりまして、閉鎖も念頭に入れてはいますが…いくつかのメモは残しておきたいところなので、もうしばらくお目見汚しを。
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今までずっと敬遠してきたCERVUSさん。
サクラのお手伝いを機に、とりあえず動かしてみようかと。

実験ノート代わりのメモ
まずは、5つの花粉親をmixした混合花粉を用いた人工交配によって得られた、コナラ実生の父性解析結果で検証。

maternal P19
candi. P19, P20, P50, P63, P87
14 loci

ちなみに排除法では、それぞれ一個体を花粉親候補に同定できる。
このとき一つの遺伝子座 locus QrZAG102 において、null allele の存在が伺える。

さてはて…



"Allele Frequency Analysis"

"Simulation of Parentage Analysis"

対立遺伝子頻度出した時に、"Prop. loci typed" を算出してくれてるのかな?
"Prop. sampled" は 1.0000
"Prop. loci mistyped" を、まずは 0.001 に設定

注)"Option" で "Test for Self fertilization" の box にチェックを入れておかないと、自殖を考慮してくれない(花粉親候補リストから、"Known mother" を除いてしまう)

結果はあっさり出るのね(推定に0.2秒もかからない… *o*)

割り振られた花粉親を排除法と比べてみると、おぉ、ちゃんと一致する。

で、null を持っていた個体はどうだったかというと、"LOD", "Delta" を見てもよくわからんが、"mismatch" は 1 ってなっていた。ほー、そういうことかい。



じゃぁ、ということで…

"Simulation of Parentage Analysis" で、今度は "Prop. loci mistyped" を 0.00 にして、再解析。

結果、null を持つようなやつは、親が決められませんでした。



ちなみに、花粉親候補を人工交配に使った個体だけでなく、試験地の林分(約70個体)に広げてみたり。
解析に用いる Locus を減らしてみたり。

やっぱ null のせい? 一部交配に用いた候補ではなく、増やしたダミー候補に割り振られたよ。
案の定?使う Locus には相当気を遣わないとダメですね~。
PICとか排斥率をしっかり見ながらのがいいのでしょうが、さすがに 4 loci だと、林分内の他の個体に割り当てられることがかなり多くなる。
"Simulation of Parentage Analysis" 設定の "Minimum typed loci" の下げすぎはあかんね。




ということで、本ちゃんの結果だけをちらっと確認。

さ、明日はちゃんとマニュアルを読もう。(それ先にやるべきっ!!笑)

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コメント
この記事へのコメント
突然のコメント失礼します。
過去に泳動の写真を掲載していたのを拝見しコメントしました。

今遺伝子工学の課題があり、少し質問があるのですが、
制限酵素処理したものをアガロースで泳動したところ、うっすらとではあるのですがバンドがでている箇所があり、バンドが出ているということは切断はできているんだと判断したんですが、バンドが薄いとういうのは何を示しているんでしょうか?単なる操作上のミスですか?

急な質問失礼しました。
2010/11/20
(土) 12:32:18 | URL | うっちゃん #-[ 編集]
>うっちゃんさん
かなり放置気味のブログでして、せっかく質問していただいたのに、返事も遅くて申し訳ございません。

どの記事の写真を参照にされたかを書いていただけると(またはその記事にコメントいただいたほうが)、より適切にお答えできるのかもしれませんが…


さすがに、うっちゃんさんがどのような実験をされているのか分からず、想像するしかないのですが、

>制限酵素処理したものをアガロースで泳動したところ、うっすらとではあるのですがバンドがでている箇所があり…

とありますが、切断されたものは、ゲノミックDNAでいいのでしょうか??

例えば、ゲノムDNAを制限酵素処理した場合でも、配列によっては同じくらいの長さの断片がいくつも得られ、それらが重なってある長さでバンディングしているように見えることがあります。

一方、消化された断片が短いものから長いものまで、様々な長さの断片が一様に存在する場合、アガロースによる電気泳動ではうっすらとスメアな画像が得られると思います。

このように、一概にはミスと判断できないと思います。
的外れなお答えだったらごめんなさい。
2010/11/22
(月) 15:37:35 | URL | 燃海 #s3NuUVEE[ 編集]
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