燃える雑記置き場
随分とブログから遠ざかっておりまして、閉鎖も念頭に入れてはいますが…いくつかのメモは残しておきたいところなので、もうしばらくお目見汚しを。
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これで5年目くらいになるサクラの苗木の育成、これまでにもハダニ、カイガラムシの発生に悩まされてきましたが…
今年は、さらに加害昆虫リストが増えました。

葉表はハダニに吸汁されたように色素の抜けた斑ができ、葉裏には黒い塊というかシミが、こちらも斑状に。
犯人はどうやらグンバイムシと呼ばれるカメムシの仲間のようです(種までは同定していませんが)。

この時期、めんどいなぁ〜。1回くらい、葉に農薬を散布しとこうかな…
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PLOS系など、最近の雑誌で多くなってきておりますが…
そうだった。TGGも今年から(?)ページ番号ではなく、論文ごとに番号が振られるようになったんだっけ。
自分の論文ながめても、なかなか慣れないものです(^^;

ちなみに、その論文が Online First から出版になったとたん、BITs Conference系の国際学会から招待講演してくれとかメールが来たんだけど…
そんなんが私に来るわけないだろう、おかしくね?とググってみると、やはり怪しそう。
とりあえず放置プレイで。
なかなか発表件数が集まらなかったんですかね。
うちも急遽ボスから参加を促されました…ホンマ急や。。。

そこで投稿直前のデータを、ご意見もらうということも兼ねて発表しようかと。
解析もし直そうと、久々にデータを広げたまではよかったが。

Rのパッケージ "lme4" をついでにバージョンアップさせ、"lmer" でGLMMしようとしたら、何だか警告が…
"lmer" では 'family' は使えへんから、"glmer" を使ってくれと…へ!?

どうゆーこと?って思っていたら、"lmer" は「Fit Linear Mixed-Effects Models」と書かれており、いわゆる線形混合モデル(LMM)に特化させ、一般化線形混合モデルは "glmer" 関数に充てられたようです。
どうりで family があてられないわけか。

この分野、少し手を付けないだけで、とても浦島太郎気分だし、定期的にパッケージも最新のバージョンを保たないとダメですね、反省。
いや、春暁*の話ではなくて。
この時期は時間が嵐のようにすぎていく、と嘆いているだけです。

昨日学会から帰ってきてみれば、岐阜も桜の開花がずいぶん進んでおり…
急遽、雨がやむのをまって今日のうちに交配袋掛け&花粉集め。
明日は演習林に観測用タワーのメンテナンスに行って、その後、また花粉集め。
次の日にはもう交配しないと、いやむしろ明後日では遅いのかもしれないし…
どのみち、一日二日と受粉作業せにゃいかんのやろうな。
あぁ、来期の準備とか全然できていないのに…いつやるんだか?

脚注
* 春眠暁を覚えず、で有名なアレです。
今更ながら、桜の学名についてちょっと自分の考えを記載。
Prunus」 or 「Cerasus」?

▽Open more.
今までずっと敬遠してきたCERVUSさん。
サクラのお手伝いを機に、とりあえず動かしてみようかと。

実験ノート代わりのメモ
▽Open more.
ヘキサン(有機溶媒)を用いた洗浄法による花粉の採取、
スゲー!!


090408_DVC00066.jpg


当研究室では、2006年、そして昨年もサクラの人工交配を行っているのだが、どちらの実験においても障壁となったのが、花粉の採取と保存、そしてviabilityであった。

ま、一年目は、そんなん風媒花と同じやろうと舐めていた感は確かにある…^^;
結局乾燥させて集めたり、昨年は直接咲いてる花を採取して交配に用いたりしたけど。
問題なのは、乾燥させ冷蔵保存すると、数日で極端に発芽能力が落ちること。
(上手くシリカゲルで乾燥させる必要もあるのだが、直後に交配に用いるからと、それを怠った)
また、咲いている花を採取すると、新鮮で発芽能力の高い花粉が得られるが、すでにポリネーターが訪れ、他個体の花粉が混ざっている(コンタミ)可能性がある。発芽能力も採取した時期の違いなどにより異なる可能性もあり。
などなど…


今年もサクラの交配を行ったのだが(自分のテーマではなく手伝いで)、その際興味本位で試してみたんですよ、その洗浄法とやらを。

▽Open more.
学会ではカゼ菌を大量にばらまいてきましたが…
当の本人は元気にやっております。
(今頃セキで苦しんでいる方々、申し訳ない)



ここ数日、毎日サクラを見ている気がする。

んで、人工交配などをやっていると特に感じるのだが…

まぁ、交配なんてしなくても、よく見ればなんとなく感じたりもするのだが…



ソメイヨシノの花粉… 多いっ!!


(一花序における)
(他のサクラ野生種に比べて)
(実際に花粉粒数を数えてみるべきなんだろうが)


もし遺伝子浸透などを評価するなら、この花粉量も考慮すべき???

ソメイヨシノが花粉親となったときの貢献と、種子親となったときの貢献との差は、量的にも思った以上に開いている??


(もっとも、環境、“虫”の行動などの影響の方が大きく、“無視”できるものかもしれないが)www


090401_DVC00054.jpg
明日からもおそらく、「最近更新していないんですね」とのツッコミが来ること必須だと思われるので、こっそぉ~りと更新しておこう。

というか、明日からを無事に乗り越えられるのだろうか、俺…


メモ:
ベランダに置かれている鉢植えのコナラ、今日開葉していた。
『ノエル(noel)』はフランス語だった。
イタリア語では、『natale』。ま、うちはイタリアンじゃないと豪語されていましたので、何語使おうが構わないのですがね。笑

さてはて、そんなカジュアルディナーのこと(身内ネタ??もう部外者だが)はさておき…
シンポのメモを、今更ながらに。


キーワードは適応に関連する遺伝子

様々な機能遺伝子(including candidate genes)を、集団間で比較、中立でないマーカーを探すと言う手法(例えば、FSTとHTから)。なにも、マイクロアレイ、ゲノミックアレイを適応できる、Arabidopsisに限った話ではない。もちろん、ゲノム解読のされた、チップが豊富にそろっているこの種の特性をまさに生かせる研究であり、シンポで聞くことのできた自然集団で解析された研究は大変興味深い(…といっては、感情が死んでしまうか)まさに、“楽しかった”!!
さて、問題は、樹木に適応するには、どちらが早いのだろうか?
もちろんアラビド、てかポプラ(今現在ポプラがどれほど使えるか知りませんが)といったモデル植物のデータが適応できるかといった問題。どちらが、と言ったのは、マイクロアレイ等を使わずに、しかし同じようにFSTとHTから中立でない遺伝子を探索した例が、樹木においてはあるからね~。

Tsumura et al. (2007) Genome Scan to Detect Genetic Structure and Adaptive Genes of Natural Populations of Cryptomeria japonica. Genetics 176, 2393-2403

もっとも、この内容を森林学会ではじめて聞いたときは、全く理解できていなかったが。
139個のCAPS、もちろん今はそれ以上入手可能だろうし、EST-SSRも数多く開発されていると聞く。

他の野生種集団においても、このような研究が…

当分先かなぁ~。あははー。
おそらくそれは、生態学と林学のスタンスの違いによるものも多少は???


さてはて、散文になってきたので、そろそろ帰ります。
あ、こんな日のこんな時間に記事書いていることに対するツッコミはどうぞなさらないように…T_T
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